糜蛋白酶的副作用主要包括：

1. 过敏反应，如皮疹、皮肤瘙痒，严重时可能出现呼吸困难甚至过敏性休克。
2. 注射部位疼痛，可能持续数天。
3. 药物剂量依赖性，如果不能很好地掌握剂量，长时间使用可能导致药物过量，增加副作用。
4. 增加感染风险，尤其是在使用糜蛋白酶时，因为对于有感染风险的患者，如肺部感染、泌尿系感染等，使用糜蛋白酶会增加感染风险。

此外，使用糜蛋白酶前必须进行皮肤试验，避免出现过敏反应。请注意，这些信息是基于一般常识和经验，可能并不适用于所有人。在使用任何新的药物或治疗方法时，都应该咨询专业医生，并遵循医生的建议。