藻酸双酯钠有一定的副作用，常见的不良反应有：

1. 注射部位少量出血，滴速过快或空腹用药时可引起恶心、呕吐、头晕、腹泻等。
2. 皮疹、皮肤瘙痒、紫癜、关节疼痛、骨髓抑制等。

需要注意的是，应用此药需要在医生指导下进行，避免盲目用药。如果有过敏史的患者应该提前告知医生。另外，在服用藻酸双酯钠期间，需要定期到医院进行血常规和出血时间等方面的检查，以监测有无骨髓抑制的征兆。如果出现任何不适症状，应及时就医，调整药物剂量或更换药物。